漳州市水土保持机构设有水土保持办公室、监督站、试验站、亚行项目办和示范场。整个机构在编人员66人，负责宣传贯彻《水土保持法》及有关法律法规，承担着全市水土保持行政执法、水土流失综合治理、“水土保持与乡村发展”亚行贷款项目及果草牧工程等项目的试验、示范和推广工作。曾获福建省水土保持科技成果三等奖3项，漳州市科技进步奖二等奖1项、三等奖3项。2000年以来，漳州市水土办认真组织10个全国水土保持生态环境建设“十百千”工程的规划与实施，共组织完成水土流失治理面积7940公顷；南靖县五小川等7条小流域先后被水利部和财政部联合命名为“全国水土保持生态环境建设示范小流域”。南靖县和诏安县也先后被水利部、财政部联合表彰为“全国水土保持生态环境建设示范县”。